Nano LC ESI ion trap tandem MS 서비스 절차

관련 논문

• Lee, H. J., Na, K., Choi, E. Y., Kim, K. S., Kim, H., & Paik, Y. K. (2009). Simple method for quantitative analysis of N-linked glycoproteins in hepatocellular carcinoma specimens. Journal of proteome research, 9(1), 308-318.
• Lee, H. J., Jeong, S. K., Na, K., Lee, M. J., Lee, S. H., Lim, J. S., ... & Paik, Y. K. (2013). Comprehensive genome-wide proteomic analysis of human placental tissue for the Chromosome-Centric Human Proteome Project. Journal of proteome research, 12(6), 2458-2466.
• Na, K., Jeong, S. K., Lee, M. J., Cho, S. Y., Kim, S. A., Lee, M. J., ... & Paik, Y. K. (2013). Human liver carboxylesterase 1 outperforms alpha‐fetoprotein as biomarker to discriminate hepatocellular carcinoma from other liver diseases in Korean patients. International Journal of Cancer, 133(2), 408-415.
• Lee, H. J., Cha, H. J., Lim, J. S., Lee, S. H., Song, S. Y., Kim, H., ... & Paik, Y. K. (2014). Abundance-ratio-based semiquantitative analysis of site-specific N-linked glycopeptides present in the plasma of hepatocellular carcinoma patients. Journal of proteome research, 13(5), 2328-2338.
• Lee, M. J., Na, K., Jeong, S. K., Lim, J. S., Kim, S. A., Lee, M. J., ... & Paik, Y. K. (2014). Identification of human complement factor B as a novel biomarker candidate for pancreatic ductal adenocarcinoma. Journal of proteome research, 13(11), 4878-4888.
• Kim, C. Y., Na, K., Park, S., Jeong, S. K., Cho, J. Y., Shin, H., Lee, M. J., Han, G. and Paik, Y. K. (2019) FusionPro, a Versatile Proteogenomic Tool for Identification of Novel Fusion Transcripts and Their Potential Translation Products in Cancer Cells. Mol. Cell Proteomics 18, 1651-1668.

시료준비

• 1D SDS-Page band 및 2D-Spot 상태의 단백질
  • - Band 및 gel을 25~50 mM NH₄HCO₃ 또는 DW 에 충분히 담아 오세요.
  • - LC-MS/MS 담당자가 in-gel digestion을 하게 됩니다. (1일소요)
• In-gel digestion 된 peptide
  • - 동결건조하여 주세요.
• Solution 상태의 protein
  • - Solution 상태로 냉동 보관하여 가져오세요.
  • - Sample 상태에 따라 in-solution 혹은 in-gel solution으로 digestion하게 됩니다.

서비스 절차

• 단백질의 수에 따라 LC-MS/MS running time이 달라집니다.
  • - 1~5개 사이 약 40~80 min, 10개 이상 100~120 min (의뢰자와 상의 후 결정)
• 데이터는 MS/MS 결과에 의해 얻어진 peptide로 검색된 protein의 List, sequence, 분자량, pI값, species, peptide match 수, score등으로 보여집니다. Profiling 분석의 경우, 각각의 내역을 excel 파일로 보내드립니다.
• 주의 사항: 다음과 같은 경우 좋은 MS 데이터를 얻기가 어렵습니다.
  • - 다량의 salt가 포함된 protein/peptide (전처리시 주의요망)
  • - 충분한 digestion이 되지 않은 protein (1/30~1/50 비율로 첨가 요망)
  • - sample에 particle(먼지 및 기타 이물질)이 포함되어 있을 경우 (시스템 자체에 손상)
• 시료당 분석 가격은 28만원 입니다. (Profiling 분석의 경우 시료당 32만원)
• 서비스 신청을 하시기 전, 반드시 연구원 (조진영 :02-2123-6626, chojy@proteomix.org)과 해당 서비스에 대해서 꼭 문의하신 후, 서비스 신청을 하시기 바랍니다.
• 샘플 보내실 주소: 03722 서울특별시 서대문구 연세로 50 연세대학교 한전 산학협동관 424호.
• 분석 서비스 요금은 연세대학교 계좌로 입금시켜 주시면 됩니다.
  연세대학교 명의의 계산서가 발부되며, 세금계산서는 발급이 안되고, 카드 결제도 안됩니다.
  결제계좌안내는 메일로 드립니다.

분석서비스 소요시간

RAW 파일의 보관 및 제공

• 본 연구원에서 분석된 모든 샘플의 RAW 파일은 1년 보관을 원칙으로 합니다.
• 분석된 RAW 파일의 peak을 확인하시거나 논문의 figure (spectrum 제시)를 위해 필요하신분은 미리 말씀해주시면 결과와 함께 송부해드립니다.
• 보관 기간 1년 이후에 분석 RAW 파일에 대해서는 책임을 지지 않습니다.

LC-MS, liquid chromatogrphy, 액체크로마토그래피, mass spectrometry, 질량분석