Proteomics Workshop

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44th YPRC Proteomics Workshop

2006년 세계인간프로테옴 기구 (HUPO)의 Education & Training Center (Asia 지역 총괄)로 선정되었고, 현재는 염색체기반-인간단백질지도사업(C-HPP, Paik YK et al., Nature Biotechnol., 30, 221-3, 2012)의 세계총괄본부인 연세프로테옴연구원에서는 제 44차 프로테오믹스 실험기술 워크숍을 2019년 2월 21일(목) ~ 22일(금)까지 2일간 진행합니다.

본 워크숍의 목적은 의생명 분야 연구자들을 대상으로 2-DE 및 non 2-DE (LC-MS/MS)의 다양한 proteomics 실험기법 및 분석방법 교육뿐 만 아니라, 실제 실험과정에서 겪을 수 있는 제반 문제점의 실무적인 해결책을 제공하는 것입니다. 단백체 분석에 가장 중요한 2-DE 또는 LC-MS/MS 샘플의 전처리 과정, pH focusing 및 2D running 과정, 2-DE 이미지 분석 과정, MS 및 MS/MS 데이터를 이용하여 단백질 동정결과를 얻는 과정 등에서 발생 가능한 문제점에 대해 연세프로테옴연구원의 해결 노하우 등을 제시해 드리며, 2-DE 시스템을 새로 구축하시거나 MS분석에서 향상된 결과를 얻으실 수 있도록 최선의 도움을 드림으로써 국내 프로테오믹스 연구의 질적 향상을 꾀하고자 합니다. 또한, Mol Cell Proteomics, J Proteome ResearchProteomics 등 주요 프로테오믹스 관련 논문의 게재에 필요한 실무적인 준비 요령 등을 참가연구자들께 전달해 드리고자 합니다.

지난 16년간 총 43차에 걸쳐 500여명 이상의 단백체 전문가를 배출하면서 축적된 교육 노하우를 바탕으로, 각 5 단계의 실험과정 및 6개의 강의가 진행될 예정입니다. 본 강좌 및 각종 서비스를 통해 지금까지 다양한 저널로 110여편의 논문이 게재된 바 있습니다. 2-DE 응용분야인 Narrow pH range 2-DE와 형광 2-D DIGE 분석에 대한 내용을 들으시고, Sample 내 whole proteome의 biological study에 적용되고 있는 PTM (glycosylation, phosphorylation) 연구를 위한 non-2DE 기반 장비들인 LC-LTQ-MS, Q-TOF 등과 MRM, labeling-MS 분석 기법에 대한 응용 가능성을 검토하시기 바랍니다. 본 교육을 이수한 분에 대하여, 분기별로 프로테오믹스 실무자들을 위해 갖는 MS 데이터 분석 요령 생물정보 워크숍에 무료로 초대됩니다.

심도 있는 Proteome informatics 강의에는, MS, MS/MS spectrum 및 PTM 분석 결과를 이해하고, 활용하는 데에 필수적인 다양한 informatics tool에 대한 교육을 실시할 예정이니 많은 참여가 있으시길 기대합니다.

2019. 1. 4
연세프로테옴연구원 (http://www.proteomix.org)    원 장   백      융      기

Workshop 안내

  1. 일시: 2019년 2월 21일 (목) ~ 2월 22일 (금), 2 일간 필수적인 강의와 데모실험 위주 진행.
  2. 장소: 연세대학교 한국전력-산학협동관 3층 세미나실, 4층 416호 (건물번호114, 약도 참고)
    ► 후원: 보건복지부 지정 국제단백질지도사업 컨소시엄 사업단
  3. 정원: 8명 내외 (선착순)
  4. 참가비: KHUPO 정회원 및 학생회원/기존 2DE 서비스 의뢰인/연세대 학생 (50만원),
    일반 (60만원) (연구비 정산용 영수증 제공)
  5. 참가자에게 제공되는 혜택
    1. 강의교재 (강의 내용, 실험절차 모음 및 강의용 유인물 자료 등)
    2. 본인 샘플 2개에 대한 2DE gel 제공 (control vs. disease)
    3. 워크숍 기간 중, 참가자의 2DE gel에서 증가/감소하는 spot 1개 선택, LC-MS/MS 동정 결과 제공 (24만원 상당)
    4. 워크숍 기간 중 중식, 무료 주차, 공식 수료증
  6. 강사와 실험 조교 (YPRC 상근 연구원)
    • - 나근 박사 (Proteomics)
    • - 이민정 박사 (Proteomics)
    • - 조진영 박사 (Bioinformatics, MRM-MS)
    • - 김주완 박사 (MALDI-TOF-MS & LC-MS/MS)
    • - 김혜영 연구원 (2-DE 서비스)
    • - 김채연 연구원 (Bioinformatics)
  7. 참가신청요령
    • 첨부한 신청양식을 작성하셔서, 아래의 e-mail 주소로 신청서를 보내주시기 바랍니다.
    • 담당자 : 나 근 nak@proteomix.org (02-2123-6625)
    • 참가비 입금 및 영수증 발급, 샘플 준비 방법: 신청서를 받고 나서 개별 안내합니다.
    • 프로테오믹스 워크샵 안내 : DOC
    • 프로테오믹스 워크샵 참가 신청서 : DOC
    • 참가비 결제 및 영수증 문의: 김민서 행정원 (02-2123-3279. yprc@proteomix.org)
    1. Workshop 일정

      (* 본 일정은 사정에 따라 예고없이 변경될 수 있습니다)
      Day 1 2019년 2월 21일 (목요일)
      09:00 Coffee & Tea
      09:30 Brief overview & introduction of Prof. Paik Young-Ki
      10:00 [Lecture 1] Introduction of proteomics & 2DE experiments
      11:00 [Lab 1] 2DE sample lysis, 1D pH focusing (IEF), 2D Gel casting
      12:30 Lunch
      13:30 [Lab 2] 2D image capture & Spot selection
      14:30 [Lecture 2, Lab 3] In-gel digestion for protein identification
      16:30 [Lecture 3] Basic aspects of LC-MS for proteomics and other applications
      18:00 End
      Day 2 2019년 2월 22일 (금요일)
      10:00 Coffee & Tea
      10:30 [Lecture 4] Application of fluorescence quantitative 2DE (2D-DIGE)
      11:30 [Lab 4] 2D Image analysis
      12:30 Lunch
      13:30 [Lecture 5] Database search tips on PMF & Proteome informatics
      14:30 [Lab 5] Practice of MS data and DB search
      15:30 [Lecture 6] Utilization of 2DE data for biomedical study
      17:00 End

      참고 문헌

      1. Jeong SK, Kim CY, Paik YK. ASV-ID, a Proteogenomic Workflow to Predict Candidate Protein Isoforms based on Transcript Evidence. J Proteome Res. 2018 Oct 5;17 (12):4235–4242

      2. Paik YK, Lane L, Kawamura T, Chen YJ, et al., Launching the C-HPP neXt-CP50 Pilot Project for functional characterization of identified proteins with no known function. J Proteome Res. 2018 Nov 29.

      3. Shin H, Cha HJ, Na K, Lee MJ, et al., O-GlcNAcylation of the tumor suppressor FOXO3 triggers aberrant cancer cell growth. Cancer Res. 2018 Mar 1;78(5):1214-1224.

      4. Na K, Shin H, Cho JY, Jung SH, et al., Systematic proteogenomic approach to exploring a novel function for NHERF1 in human reproductive disorder: lessons for exploring missing proteins. J Proteome Res. 2017 Dec 1;16(12):4455-4467.

      5. Paik YK, Overall CM, Deutsch EW, Van Eyk JE, et al., Progress and future direction of Chromosome-Centric Human Proteome Project. J Proteome Res. 2017 Dec 1;16(12):4253-4258.

      6. Paik YK, Omenn GS, Hancock WS, Lane L, et al., Advances in the Chromosome-Centric Human Proteome Project: looking to the future. Expert Rev Proteomics. 2017 Dec;14(12):1059-1071.

      7. Park S, Paik YK. Genetic deficiency in neuronal peroxisomal fatty acid β-oxidation causes the interruption of dauer development in Caenorhabditis elegans. Sci Rep. 2017 Aug 24;7(1):9358.

      8. Cho JY, Lee HJ, Jeong SK, Paik YK. Epsilon-Q: an automated analyzer interface for mass spectral library search and label-free protein quantification. J Proteome Res. 2017 Dec 1;16(12):4435-4445.

      9. Lee MJ, Na K, Jeong SK, Lim JS, et al., Identification of human complement factor B as a novel biomarker candidate for pancreatic ductal adenocarcinoma. J Proteome Res. 2014 Nov 7;13(11):4878-88.

      10. Kim KY, Joo HJ, Kwon HW, Kim H, et al., Development of a method to quantitate nematode pheromone for study of small-molecule metabolism in Caenorhabditis elegans. Anal Chem. 2013 Mar 5;85(5):2681-8.

      11. Paik YK, Hancock WS. Uniting ENCODE with genome-wide proteomics. Nat Biotechnol. 2012 Nov;30(11):1065-7.

      12. Paik YK, Jeong SK, Omenn GS, Uhlen M, et al., The Chromosome-Centric Human Proteome Project for cataloging proteins encoded in the genome. Nat Biotechnol. 2012 Mar 7;30(3):221-3.