Proteomics Workshop

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43rd YPRC Proteomics Workshop

2006년 세계인간프로테옴 기구 (HUPO)의 Education & Training Center (Asia 지역 총괄)로 선정되었고, 현재는 염색체기반-인간단백질지도사업(C-HPP, Paik YK et al., Nature Biotechnol., 30, 221-3, 2012)의 세계총괄본부인 연세프로테옴연구원에서는 제 43차 프로테오믹스 실험기술 워크숍을 2018년 8월 23일(목) ~ 24일(금)까지 2일간 진행합니다.

본 워크숍의 목적은 의생명 분야 연구자들을 대상으로 2-DE 및 non 2-DE (LC-MS/MS)의 다양한 proteomics 실험기법 및 분석방법 교육뿐 만 아니라, 실제 실험과정에서 겪을 수 있는 제반 문제점의 실무적인 해결책을 제공하는 것입니다. 단백체 분석에 가장 중요한 2-DE 또는 LC-MS/MS 샘플의 전처리 과정, pH focusing 및 2D running 과정, 2-DE 이미지 분석 과정, MS 및 MS/MS 데이터를 이용하여 단백질 동정결과를 얻는 과정 등에서 발생 가능한 문제점에 대해 연세프로테옴연구원의 해결 노하우 등을 제시함으로써, 2-DE 시스템을 새로 구축하시거나 MS분석에서 향상된 결과를 얻으실 수 있도록 최선의 도움을 드림으로써 국내 프로테오믹스 연구의 질적 향상을 꾀하고자 합니다. 또한, Mol Cell Proteomics, J Proteome ResearchProteomics 등 주요 프로테오믹스 관련 논문의 게재에 필요한 실무적인 준비 요령 등을 참가연구자들께 전달해 드리고자 합니다.

지난 15년간 총 42차에 걸쳐 축적된 교육 노하우를 바탕으로, 각 5 단계의 실험과정 및 6개의 강의가 진행될 예정입니다. 본 강좌 및 각종 서비스를 통해 지금까지 다양한 저널로 110여편의 논문이 게재된 바 있습니다. 2-DE 응용분야인 Narrow pH range 2-DE와 형광 2-D DIGE 분석에 대한 내용을 들으시고, Sample 내 whole proteome의 biological study에 적용되고 있는 PTM (glycosylation, phosphorylation) 연구를 위한 non-2DE 기반 장비들인 LC-LTQ-MS, Q-TOF 등과 MRM, labeling-MS 분석 기법에 대한 응용 가능성을 검토하시기 바랍니다. 본 교육을 이수한 분에 대하여, 분기별로 프로테오믹스 실무자들을 위해 갖는 MS 데이터 분석 요령 생물정보 워크숍에 무료로 초대됩니다.

심도 있는 Proteome informatics 강의에는, MS, MS/MS spectrum 및 PTM 분석 결과를 이해하고, 활용하는 데에 필수적인 다양한 informatics tool에 대한 교육을 실시할 예정이니 많은 참여가 있으시길 기대합니다.

2018. 6. 29
연세프로테옴연구원 (http://www.proteomix.org)    원 장   백      융      기

Workshop 안내

  1. 일시: 2018년 8월 23일 (목) ~ 8월 24일 (금), 2 일간 필수적인 강의와 데모실험 위주 진행.
  2. 장소: 연세대학교 한국전력-산학협동관 3층 세미나실, 4층 416호 (건물번호114, 약도 참고)
    ► 후원: 보건복지부 지정 국제단백질지도사업 컨소시엄 사업단
  3. 정원: 8명 내외 (선착순)
  4. 참가비: KHUPO 정회원 및 학생회원/기존 2DE 서비스 의뢰인/연세대 학생 (50만원),
    일반 (60만원) (연구비 정산용 영수증 제공)
  5. 참가자에게 제공되는 혜택
    1. 강의교재 (강의 내용, 실험절차 모음 및 강의용 유인물 자료 등)
    2. 본인 샘플 2개에 대한 2DE gel 제공 (control vs. disease)
    3. 워크숍 기간 중, 참가자의 2DE gel에서 증가/감소하는 spot 1개 선택, LC-MS/MS 동정 결과 제공 (24만원 상당)
    4. 워크숍 기간 중 중식, 무료 주차, 공식 수료증
  6. 강사와 실험 조교 (YPRC 상근 연구원)
    • - 나근 박사 (Biomarker discovery, 워크샵 담당)
    • - 정슬기 박사(Bioinformatics)
    • - 이민정 박사 (Proteomics)
    • - 조진영 박사 (Bioinformatics, MRM-MS)
    • - 김주완 박사 (MALDI-TOF MS & LC-MS/MS)
    • - 김혜영 연구원 (2-DE 서비스)
  7. 참가신청요령
    • 첨부한 신청양식을 작성하셔서, 아래의 e-mail 주소로 신청서를 보내주시기 바랍니다.
    • 담당자 : 나 근 nak@proteomix.org (02-2123-6625)
    • 참가비 입금 및 영수증 발급, 샘플 준비 방법: 신청서를 받고 나서 개별 안내합니다.
    • 프로테오믹스 워크샵 안내 : DOC
    • 프로테오믹스 워크샵 참가 신청서 : DOC
    • 참가비 결제 및 영수증 문의: 김민서 행정원 (02-2123-3279. yprc@proteomix.org)
    1. 참고 문헌

      1. Shin H, Cha HJ, Na K, Lee MJ, Cho JY, Kim CY, Kim EK, Kang CM, Kim H, Paik YK. O-GlcNAcylation of the Tumor Suppressor FOXO3 Triggers Aberrant Cancer Cell Growth. Cancer Res. 2018 Mar 1;78(5):1214-1224. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-17-3512. Epub 2018 Jan 4. PubMed PMID: 29301793.

      2. Paik YK, Overall CM, Deutsch EW, Van Eyk JE, Omenn GS. Progress and Future Direction of Chromosome-Centric Human Proteome Project. J Proteome Res. 2017 Dec 1;16(12):4253-4258. doi: 10.1021/acs.jproteome.7b00734. PubMed PMID: 29191025.

      3. Paik YK, Omenn GS, Hancock WS, Lane L, Overall CM. Advances in the Chromosome-Centric Human Proteome Project: looking to the future. Expert Rev Proteomics. 2017 Dec;14(12):1059-1071. doi: 10.1080/14789450.2017.1394189. Epub 2017 Nov 10. PubMed PMID: 29039980.

      4. Park S, Paik YK. Genetic deficiency in neuronal peroxisomal fatty acid β-oxidation causes the interruption of dauer development in Caenorhabditis elegans. Sci Rep. 2017 Aug 24;7(1):9358. doi: 10.1038/s41598-017-10020-x. PubMed PMID: 28839231; PubMed Central PMCID: PMC5571181.

      5. Cho JY, Lee HJ, Jeong SK, Paik YK. Epsilon-Q: An Automated Analyzer Interface for Mass Spectral Library Search and Label-Free Protein Quantification. J Proteome Res. 2017 Dec 1;16(12):4435-4445. doi: 10.1021/acs.jproteome.6b01019. Epub 2017 Apr 4. PubMed PMID: 28299940.

      6. Kim KY, Joo HJ, Kwon HW, Kim H, Hancock WS, Paik YK. Development of a method to quantitate nematode pheromone for study of small-molecule metabolism in Caenorhabditis elegans. Anal Chem. 2013 Mar 5;85(5):2681-8. doi: 10.1021/ac4001964. Epub 2013 Feb 14. PubMed PMID: 23347231.

      7. Paik YK, Hancock WS. Uniting ENCODE with genome-wide proteomics. Nat Biotechnol. 2012 Nov;30(11):1065-7. doi: 10.1038/nbt.2416. PubMed PMID: 23138303.

      8. Paik YK, Jeong SK, Omenn GS, Uhlen M, Hanash S, Cho SY, Lee HJ, Na K, Choi EY, Yan F, Zhang F, Zhang Y, Snyder M, Cheng Y, Chen R, Marko-Varga G, Deutsch EW, Kim H, Kwon JY, Aebersold R, Bairoch A, Taylor AD, Kim KY, Lee EY, Hochstrasser D, Legrain P, Hancock WS. The Chromosome-Centric Human Proteome Project for cataloging proteins encoded in the genome. Nat Biotechnol. 2012 Mar 7;30(3):221-3. doi: 10.1038/nbt.2152. PubMed PMID: 22398612.

      9. Na K, Lee MJ, Jeong HJ, Kim H, Paik YK. Differential gel-based proteomic approach for cancer biomarker discovery using human plasma. Methods Mol Biol. 2012;854:223-37. doi: 10.1007/978-1-61779-573-2_16. PubMed PMID: 22311764.

      Workshop 일정

      (* 본 일정은 사정에 따라 예고없이 변경될 수 있습니다)
      Day 1 2018년 8월 23일 (목요일)
      09:00 Coffee & Tea
      09:30 Brief overview & introduction of Prof. Paik Young-Ki
      10:00 [Lecture 1] Introduction of proteomics & 2DE experiments
      11:00 [Lab 1] 2DE sample lysis, 1D pH focusing (IEF), 2D Gel casting
      12:30 Lunch
      13:30 [Lab 2] 2D image capture & Spot selection
      14:30 [Lecture 2, Lab 3] In-gel digestion for protein identification
      15:30 [Lecture 3] Basic aspects of LC-MS for proteomics and other applications
      17:00 End
      Day 2 2018년 8월 24일 (금요일)
      09:00 Coffee & Tea
      09:30 [Lecture 4] Application of fluorescence quantitative 2DE (2D-DIGE)
      11:00 [Lab 4] 2D Image analysis
      12:30 Lunch
      13:30 [Lecture 5] Database search tips on PMF & Proteome informatics
      14:30 [Lab 5] Practice of MS data and DB search
      15:30 [Lecture 6] Utilization of 2DE data for biomedical study
      17:00 End