Proteomics Workshop

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45th YPRC Proteomics Workshop

2006년 세계인간프로테옴 기구 (HUPO)의 Education & Training Center (Asia 지역 총괄)로 선정되었고, 현재는 염색체기반-인간단백질지도사업(C-HPP, Paik YK et al., Nature Biotechnol., 30, 221-3, 2012)의 세계총괄본부인 연세프로테옴연구원에서는 제 45차 프로테오믹스 실험기술 워크숍을 2020년 2월 20일(목) ~ 21일(금)까지 2일간 진행합니다.

본 워크숍의 목적은 의생명 분야 연구자들을 대상으로 2-DE 및 non 2-DE (LC-MS/MS)의 다양한 proteomics 실험기법 및 분석방법 교육뿐 만 아니라, 실제 실험과정에서 겪을 수 있는 제반 문제점의 실무적인 해결책을 제공하는 것입니다. 단백체 분석에 가장 중요한 2-DE 또는 LC-MS/MS 샘플의 전처리 과정, pH focusing 및 2D running 과정, 2-DE 이미지 분석 과정, MS 및 MS/MS 데이터를 이용하여 단백질 동정결과를 얻는 과정 등에서 발생 가능한 문제점에 대해 해결 노하우 등을 제시해 드리며, 2-DE 시스템을 새로 구축하시거나 MS분석에서 향상된 결과를 얻으실 수 있도록 최선의 도움을 드림으로써 국내 프로테오믹스 연구의 질적 향상을 꾀하고자 합니다. 또한, Mol Cell Proteomics, J Proteome Research 및 Proteomics 등 주요 프로테오믹스 관련 논문의 게재에 필요한 실무적인 준비 요령 등을 참가연구자들께 전달해 드리고자 합니다.

지난 17년간 총 44차에 걸쳐 520여명 이상의 단백체 전문가를 배출하면서 축적된 교육 노하우를 바탕으로 한 실험 실습 및 강의가 진행될 예정입니다. 본 강좌 및 각종 서비스를 통해 지금까지 다양한 저널로 110여편의 논문이 게재된 바 있습니다. 2-DE 응용분야인 Narrow pH range 2-DE와 형광 2-D DIGE 분석에 대한 내용을 들으시고, Sample 내 whole proteome의 biological study에 적용되고 있는 PTM (glycosylation, phosphorylation) 연구를 위한 non-2DE 기반 장비들인 LC-LTQ-MS, Q-TOF 등과 MRM, labeling-MS 분석 기법에 대한 응용 가능성을 검토하시기 바랍니다.

심도 있는 Proteome informatics 강의에는, MS, MS/MS spectrum 및 PTM 분석 결과를 이해하고, 활용하는 데에 필수적인 다양한 informatics tool에 대한 교육을 실시할 예정이니 많은 참여가 있으시길 기대합니다.

2020. 1. 2
연세프로테옴연구원 (http://www.proteomix.org)    원 장   백      융      기

Workshop 안내

  1. 일시: 2020년 2월 20일 (목) ~ 2월 21일 (금), 2 일간 필수적인 강의와 데모실험 위주 진행.
  2. 장소: 연세대학교 한국전력-산학협동관 3층 중앙세미나실 (건물번호114, 약도 참고)
  3. 정원: 8명
  4. 참가비: 40만원 (참가자의 2개 샘플에 대한 2D gel 포함시 70만원)
  5. 참가자에게 제공되는 혜택 (사정에 따라 변경 가능)
    • - 강의 교재 (강의 내용, 실험 절차 모음 및 강의용 유인물 자료 등
    • - 본인 2-DE 샘플에서 1개 spot 에 대한 ID 분석 기회 제공 (LC-MS/MS)
    • - 수료증, USB 메모리 (2D gel 이미지 저장)
    • - 워크샵 기간 중 중식, 무료 주차
  6. 강사진
    • - 백융기 교수 (국제단백체지도 C-HPP Co-Chair)
    • - 강사와 실험 조교 (YPRC 상근 연구원)
      : 나근 박사 (Proteomics), 이민정 박사 (Proteomics), 조진영 박사 (LC-MS/MS), 김주완 박사 (LC-MS/MS),
      김채연 박사 (Bioinformatics), 김혜영 연구원 (2-DE)
  7. 참가 신청 요령
    • 첨부한 신청양식을 작성하셔서, 아래의 e-mail 주소로 신청서를 보내주시기 바랍니다.
    • 담당자 : 나 근 nak@proteomix.org (02-2123-6625)
    • 프로테오믹스 워크샵 안내 : DOC
    • 프로테오믹스 워크샵 참가 신청서 : DOC
    • 참가비 결제 및 영수증 문의: 김민서 행정원 (02-2123-3279. yprc@yonsei.ac.kr)

      8. Workshop 일정

      (* 본 일정은 사정에 따라 예고없이 변경될 수 있습니다)
      Day 1 2020년 2월 20일 (목): 2DE process
      09:00 Coffee & Tea
      09:30 [Lecture 1] Introduction to proteomics and 2DE experiment
      10:30 [Lab 1] 2DE sample lysis, 1D pH focusing (IEF)
      11:30 [Lab 2] TCA/acetone precipitation
      12:00 Lunch
      13:00 [Lab 3] 2D Gel casting and running, staining, gel scan
      15:00 [Lecture 2] 2D application: fluorescence 2DE (2D-DIGE)
      16:00 [Lab 4] Image analysis of 2D gel (Image Master 5)
      17:30 End
      Day 2 2020년 2월 21일 (금): MS analysis and data mining
      08:30 Coffee & Tea
      09:00 [Lecture 3] Principles of MS-based proteomic approach
      10:30 [Lab 5] In-gel digestion and protein identification by MS
      11:30 [Demo] Practice of MS data
      12:30 Lunch
      13:30 [Lecture 4] MS search engine and bioinformatics tool
      15:00 [Lecture 5] Utilization of 2DE data for biomedical study
      16:30 [Lecture 6] Scientific writing skills for the major proteomics journals
      17:30 End (수료증 수여)

      최근 YPRC팀의 논문게재 리스트 (일부)

      1. Kim CY, Na K, Park S, Jeong SK, et al., FusionPro, a versatile proteogenomic tool for identification of novel fusion transcripts and their potential translation products in cells. Mol Cell Proteomics. 2019;18(8):1651-68.

      2. Park JY, Joo HJ, Park S, Paik YK. Ascaroside pheromones: chemical biology and pleiotropic neuronal functions. Int J Mol Sci. 2019;20(16):3898.

      3. Shin H, Cha HJ, Na K, Lee MJ, et al., O-GlcNAcylation of the tumor suppressor FOXO3 triggers aberrant cancer cell growth. Cancer Res. 2018;78(5):1214-24.

      4. Jeong SK, Kim CY, Paik YK. ASV-ID, a Proteogenomic workflow to predict candidate protein isoforms based on transcript evidence. J Proteome Res. 2018;17(12):4235–42.

      5. Paik YK, Overall CM, Corrales F, Deutsch EW, et al., Toward completion of the human proteome parts list: progress uncovering proteins that are missing or have unknown function and developing analytical methods. J Proteome Res. 2018;17(12):4023-30.

      6. Paik YK, Lane L, Kawamura T, Chen YJ, et al., Launching the C-HPP neXt-CP50 Pilot Project for functional characterization of identified proteins with no known function. J Proteome Res. 2018;17(12):4042-50.

      7. Na K, Shin H, Cho JY, Jung SH, et al., Systematic proteogenomic approach to exploring a novel function for NHERF1 in human reproductive disorder: lessons for exploring missing proteins. J Proteome Res. 2017;16(12):4455-67.

      8. Paik YK, Omenn GS, Hancock WS, Lane L, et al., Advances in the Chromosome-Centric Human Proteome Project: looking to the future. Expert Rev Proteomics. 2017;14(12):1059-71.

      9. Park S, Paik YK. Genetic deficiency in neuronal peroxisomal fatty acid β-oxidation causes the interruption of dauer development in Caenorhabditis elegans. Sci Rep. 2017;7(1):9358.

      10. Cho JY, Lee HJ, Jeong SK, Paik YK. Epsilon-Q: an automated analyzer interface for mass spectral library search and label-free protein quantification. J Proteome Res. 2017;16(12):4435-45.

      11. Kim JW, Hwang H, Lim JS, Lee HJ, et al., gFinder: A Web-Based Bioinformatics Tool for the Analysis of N-Glycopeptides. J Proteome Res. 2016;15(11):4116-4125.

      12. Lee MJ, Na K, Jeong SK, Lim JS, et al., Identification of human complement factor B as a novel biomarker candidate for pancreatic ductal adenocarcinoma. J Proteome Res. 2014;13(11):4878-88.

      13. Paik YK, Hancock WS. Uniting ENCODE with genome-wide proteomics. Nat Biotechnol. 2012;30(11):1065-7.

      14. Paik YK, Jeong SK, Omenn GS, Uhlen M, et al., The Chromosome-Centric Human Proteome Project for cataloging proteins encoded in the genome. Nat Biotechnol. 2012;30(3):221-3.